旧端末（iphone　se２）の番号でEID登録をしてしまいまいた

クイック転送ではmineoのeSIMを転送することができないので、データ転送とは別にやる必要があります。データ転送するのとeSIMの再発行の順番に特に優劣はありません。どっちが先でもいいです。まずはデータ転送が先でもよいと思います。

私は、先にデータ転送をやって、その後でmineoのeSIMを再発行してインストールしました。

「iPhone17を使ってみる　その１　irumo SIMの転送」
https://king.mineo.jp/reports/318985
「iPhone17を使ってみる　その２　mineoＡプランeSIMのインストール」
https://king.mineo.jp/reports/318989
「iPhone17を使ってみる　その３　mineoＤプランeSIMのインストール」
https://king.mineo.jp/reports/319084

スマホでマイページにログインしてeSIMの再発行申請をしろと運営が言ったのは、本人確認をするとき、今はeKYCか、マイナンバーカードを使った公的個人認証（JPKI）を使うからだと思います。
「公的個人認証（JPKI）による本人確認」
https://support.mineo.jp/setup/guide/jpki.html

でも、ＡプランeSIMの再発行は、SMS認証でできた気がします。Ｄプランはどうなのかな。

JPKIのほうがeKYCよりはるかにスムーズにできるというのは間違いないですけれどね。Ｄプランの新規申し込みのときに、JPKIで本人確認したような気がします。