混線？

同じApple IDをお使いでしたら、電話アプリが共有されるので、履歴も同期されるのではないでしょうか？

ひとりで複数のiOSデバイスを使用される場合は、同じIDでもいいですが(その方が便利です)、たとえご家族でもIDは別にしたほうが、他のデータも同期されないのでいいと思います。

次回よりご質問はQ&A(王国教室)へお願いします。

今回の件ですが通話履歴がiCloudで共有されてしまうからでしょうね。

・【複数デバイスで1つのAppleID利用は注意！】iPhoneの電話の履歴が
　共有されてしまう原因について
https://to-enrich.info/archives/2077

一人ずつApple IDを分けて、ファミリー共有機能を利用されると良いかと
思います。（^^

・Appleのファミリー共有とは？使い方や注意点を押さえよう！
https://join.biglobe.ne.jp/mobile/sim/gurashi/share_apple180823/

同じAppleIDで登録できるのですねえ　どんなメリットがあるのかなあ❗
デメリットの方が大きいのでは❓

AppleIDは同じ物を登録、まさに私もそうです。

我が家もApp Storeは、Apple IDを共通にしていますが、iCloud他は個人毎に異なります。
さすがに共有されたくないものも多々ありますので...

私の経験上だと、同じApple IDの端末で、同じWi-fiに接続しているときにかかってきた電話は、着信履歴が共有されますが、同じWi-Fiに接続されていないときにかかってきた電話の着信履歴は、共有されないですね。

ご質問の状況を説明できる原因は思い当たりません。

電話回線でかけたのではなくて、facetimeでかけたということはないですか？

皆さん、アドバイスありがとうございます。
確かにAppleIDは分けた方が良いのは事実ですね。データは同期させない設定でしたので、今まではこのような事象はありませんでした。以前は子どもの居場所を把握するために便利でしたが、もう高校生なので居場所を確認する事もなくなったのでAppleIDを個々に設定しようかな・・・。ただ、アプリに問題が出るものもあるのかな・・・？

Apple IDを新たに取得して、端末の設定を変更することは可能です。
しかし、旧IDの時にダウンロードしたアプリは、バージョンアップの際に、旧IDのパスワード入力が求められるので、一度アンインストールして、新IDでダウンロードし直すのが良いです。

着信履歴については、お子様2台の端末を並べてみて、着信履歴がどの程度同じなのかを確認されると、どうなっているかわかると思います。
過去のすべてが同じになっているのであれば、設定の問題だったことが分かります。
一部の着信履歴だけが同じなのであれば、その時二人共が自宅にいたのではないでしょうか？

今回のご質問の一方が外出中の着信が、両方の端末に残るというのは、原因としてはfacetime着信しか思い当たりません。