通話時間が違う

mineoでんわアプリはプレフィックスをつけて標準の電話アプリに引き渡すだけの機能ですので、通話時間管理は正確にはできません。
標準の電話アプリの値が正しく、mineo側のカウントもほぼ同じ値になりますので、ご心配されなくてもいいですよ。

ほかにも表示の不具合が発生しているようですね。

https://king.mineo.jp/reports/301812
https://king.mineo.jp/question-answer/データ通信／音声通話 音声通話/14065

ユーザーサポートに問い合わせてみましょう。
https://support.mineo.jp/inquiry.html

mineoでんわアプリの挙動がおかしいようです。
［mineoでんわ　通話時間　おかしい］などでググってみると幾つも同様の現象を訴えているコメントが出てきます。しかし、数年経っても改善する様子はありません。おそらくmineoでんわはこのままでオワコン化したいので余計なコストを投入しないでしょう。

ところで、mineoでんわは発信時に対象電話番号の前に『0088292』というプレフィックス番号をつけて発信します。このプレフィックス番号を付与することでキャリアの中継機がこの番号を認識して格安の中継会社へ転送することで通話料金が安くなります。よって、スマホ標準電話でもこのプレフィックス番号を先頭に付けて発信するとmineoでんわと同様に10円/30秒となります。連絡先や電話帳にプレフィックス番号を付与した番号を追加登録しておくと便利です。

mineoでんわの誤表示が気になるのであれば、上記のような回避策が可能です。私は外部で同様な機能の通話サービスを利用していますが、上記のように連絡先にプレフィックス番号付きを追加登録しています。