通話時間が違う

mineoでんわアプリはプレフィックスをつけて標準の電話アプリに引き渡すだけの機能ですので、通話時間管理は正確にはできません。
標準の電話アプリの値が正しく、mineo側のカウントもほぼ同じ値になりますので、ご心配されなくてもいいですよ。