パソコンの通信量が多いのか、表示が違っているのか…

想像ですが、ノートパソコンをaterm mr04ln モバイルルーターを使用しての接続ですかね？
WINDOWSであれば、何かしら、通信をしていますし、何より、WINDOWS　UPDATEが自動で行われますので、使用したのは３分ほどでも、パソコンをつけたままで、モバイルルータとの接続もしたままであれば、通信し、必要なファイルをダウンロードしたのかもしれません。
それに、ウイルスソフトなどもあれば、定義ファイルの更新もします。
特に、そのような覚えがなければ、ウイルス感染による悪意のデータ漏洩も疑われます。
スペックのいいパソコンだと、バックグラウンドで通信していても、ストレスを感じないので、送受信していても、気づきにくいですね。
　また、aterm mr04ln 本体は、自動的にファームウェアの更新とかでの接続はしないのでしょうか？　ファームウェアくらいなら、それほど通信しないと思いますが。
　あと、最近のHPはやたらとデータ量が多いです。

さすがにわずかな間に1000MBはあり得ないので、読み間違えてるのか…。

Windowsアップデートが走ったかセキュリティソフトのアップデートが走ったかでしょうね。
動画付きサイトを見てもちょっと多すぎますので。
今月のWindowsアップデートって何GBだったかな？

ブラウザ以外にバックグラウンドで更新してるものはありませんか？
OSのアップデートやウィルス駆除ソフトのパターンファイルとか…(^_^;)
節約ONでないとなかなか今の契約容量でパソコンに接続って厳しい可能性があります。
とりあえずおみくじは済ませてらっしゃるようなのでフリータンクからも1GBいただいてみては？(^_^;)

aterm mr04ln 上の表示で、1000MBをこえたのでしょうか？
さすがにどんなに高速でもLTEの通信2,3分では1GBは通信できないはずです。

本当に通信したかは、mineoのマイページで、mineo側でカウントした通信料を確認してみるとよいと思います。

パソコンをwifiでつないだとき、webページをみているだけでも、裏でwindowsの更新ファイルを大量にダウンロードしていることもあります。
webページの閲覧は2,3分でも、パソコンを起動してから接続していた時間は長時間だったのではないでしょうか？

私はpcではなくスマホでしたが、たとえば、ソフトウエアの更新のダウンロードをwifiのみにしていても、wifiルータのaterm mr04ln 経由で接続すると自宅のwifiと接続するの区別がつかないので、知らない間にスマホのOSの更新ファイルを１GB近くダウンロードしていたこともありました。

別のパターンとして、GooglePhotoの同期をONにしていたことで、たまたま動画を撮ったら、wifi接続で動画をクラウドにUPして、10分ほどで数百MB通信していたことがありました。（下りは混雑していても上りは早い場合が多いので、短時間でしたが気づいた時にはすでに大容量ファイルがUPされていました。

とにかく、画面を操作しなくても勝手にダウンロードやアップロードする仕組みがある場合には注意が必要です。