メッセージアプリの不具合

そのアプリから未読メッセージが通知されているのではないですか？

使って居る機種もメッセージアプリも不明ですね…仕方ないので占ってみました。

どうも、その端末が寂しがっているのが原因のようです。意外と甘えん坊の様ですが、普段あまり触っていないのでは無いですか?
携帯端末はみな同じに見える（同じ機種だと特に）かもしれませんが、それぞれ性格が違いますので気をつけてください。


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本当にSMSだったら、キャリア側から何度も通知が来るはずが無いので、メッセージアプリの原因だと思いますけど如何でしょうか。
そのアプリに起動時に過去のメッセージを出す設定などは有りませんか?

そういうのが無ければ、初期化復元と書かれていますが、「本当に初期化して最低限の設定をしただけ」で同じ現象が出るか試してみては如何でしょう。

機種とアプリ（と現象）をもう少し詳しく書かれれば、同じ環境の人が確認出来ると思います。