ソフトバンクプランは100円高い？

SoftbankがmineoなどのMVNOに回線を貸す時の「接続料金」が、docomoやauより高いからです。いずれは下がる可能性はあります。

他社と異なり取り扱いSIMの数が多いのと
仕入原価の都合では？

100円高いけど、電波の入る地域でご利用であれば回線早くて快適でしょうね。