dポイントで『マイナス』ってなんだ？

なんでしょうね。
もしかして、例えば1000ポイント
利用していたとしたら
Amazon側が本来、返還で
-1000と入力すべきところ
1000と入力してしまったため
二重にポイントが差し引かれて
しまっている状態とか？
なんとなくAmazon側の処理ミスっぽく
感じますが、問い合わせはされました？

そういえば以前Amazonで商品を購入した際
Amazonポイントを使用したら
本来、期間限定ポイントの方から先に
減算されるべきところ、通常ポイントから
先に引かれていた事がありました。
他の誰かが問い合わせをしたのか
いつの間にか正しい処理に直っていましたが
Amazon側から何らかのアナウンスが
あったかどうかは思い出せません。
(⁠^⁠^;⁠)

注文のキャンセルや受け取り済みの商品の返品の場合、そのご注文で獲得したdポイント分が残高から差し引かれます。お支払いに利用したdポイントは、返品商品をAmazon側で受領した日より3日から5日程度でdポイント残高に戻ります

↑これでマイナスになったのでは?

詳しいシステム的なことは置いておいて。

おそらく、こういうことではないでしょうか？
一例）2,960円の品物を購入。dポイント60P使用
　┗品物　　　　　2,960円
　　dポイント利用　　60ポイント
　　総計　　　　　2,900円
　　　↓
　　返品
　　　┗品物　　　　−2,960円
　　　　dポイント利用　−60ポイント
　　　　総計　　　　−2,900円
もともとポイント利用にはマイナス処理が入っていると思われますので、数式的には
　購入時；2,960円−60円分dポイント=2,900円
　返品時；−2,960円−(−60円分dポイント)=−2,900円
ということですね。文章的には「dポイントを−60ポイント利用」というかんじになります。

……合っているかしら🤔

うっかりしていました。
(⁠^⁠^⁠;)
dポイントクラブにログインして
ポイント履歴を閲覧すれば
どういった経過で、その残高になったか
確認出来るのではないでしょうか？
(^⁠_⁠^)