JR九州の「２枚きっぷ（自由席）」について

「【使用開始後の取扱い】
（車内における設備の変更）
乗車後車内に余席があり、運輸上支障がない場合に限り、所定の自由席特急料金を収受しているものとみなし、所定の指定席との差額を収受し、普通車指定席への変更ができます。」
　とは、事前に差額を支払って座席の指定を受けていない場合でも、乗車後に差額を支払えば指定席を利用できるの意味です。「指定席をご利用になる場合には、乗車前にＪＲ九州の駅の窓口等であらかじめ座席の指定をお受けください。」とあるものの、実際には指定を受けず、車内で空いている席に座っている場合を想定しています。

回数券だからこの商品を扱っている九州の金券ショップに聞いたら知ってるんじゃない？

とても気になったので調べました。
蛍光ペンで塗ったところを読んでもらったら分かると思います。
JR九州のページからお借りしました。

二枚切符は特急に乗る事を前提として発売されており、とてもお得な値段設定になっています。
なので、そこがベースなのでしょう。ﾀﾌﾞﾝ

なお特急券を前もって買わずに車内で購入すると割高になりますので、お気をつけて☺️

混乱している理由が大まかにわかりました。

一般論
企画切符は条件（区間や席のグレード）を変えられない。「２枚きっぷ（自由席）」は企画切符なので 本来は その様な事が出来ない。
一般の切符で乗車後に車掌裁量でアップグレードできるのは知っているし、それで正しいし、できます。

個別論
JR九州ではどうも、特例として企画切符に対して席のアップグレードが可能であるらしい。この特例を使って窓口で事前に指定席チケットを買う事を「２枚きっぷ（自由席）」の説明では言っているっぽい。つまり私の特急自由券無効の解釈はJR九州では間違いで、ただお金を積めばよいだけ。

https://www.jrkyushu-kippu.jp/fare/ticket/16
＞○指定席をご利用になる場合は指定する列車ごとに指定料金券を、グリーン席をご利用になる場合は指定する列車ごとにグリーン料金券をお買い求めください。指定料金券またはグリーン料金券はご乗車前にJR九州の駅の窓口等であらかじめお求めください。列車内での発売は行っておりません。

推測だけど乗車後にアップグレードを実施する事は、この事情から可能かもしれないが、車内での販売価格が上がるかどうかは分からない（個人的にはダウト。アップグレード自体できなさそうだし、価格が上がるのはJR東日本？）

よく勘違いしてしまうけど、JRグループ各社は似て非なる会社なので各々ルールが違うからなあ。これが多分正解の解釈の筈です。


金券ショップは頭になかったなあ（今回は時間とお金の関係で無理）。

　指定席と自由席の関係は同格です(列車によっては、座席を変えているものもありますが)。
旅規57条
イ 指定席特急券
(ｲ) 特別急行列車の座席車若しくは寝台車に乗車し、指定席若しくは寝台を使用する場合(中略)乗車する日、列車、旅客車、座席及び乗車区間を指定して発売する。
ハ 自由席特急券
別に定める特別急行列車の特別車両以外の座席車若しくは第13条第３項の規定によりＢ寝台を設備した寝台車に乗車し、自由席（別に定める区間における特別急行列車の座席を含む。以下同じ。）を使用する場合(中略)乗車駅及び有効区間を指定し(略)発売する。」
　乗車列車と座席を予め指定されているのが指定券です。座席のグレードは、普通車とグリーン車の関係です。

　2枚切符(自由席用)に、差額追加で指定席利用ができるのは営業上の理由です。
　こうした切符は高速バスとの競合区間に設定されています。自由席用が設定されているのは、比較的短い距離でバスも頻発している区間が主(小倉や佐賀、新幹線開業前は熊本)です。指定席料金をベースとするより自由席料金をベースとした方が価格競争力が上がります。しかし、混雑時など席を確保したい人もいるので、差額追加で指定席利用を可能としています。
　また、JR九州は、「　特急列車（一部区間）の車内において発売する特急券の発売額について見直しを行うことで特急券の事前購入を促進」しているので、「列車内での発売は行っておりません」としていると思われます。
https://www.jrkyushu.co.jp/news/__icsFiles/afieldfile/2021/12/13/211213_tokkyu_shanai.pdf
　実務上は、