iPhone6からiPhoneSE2への乗り換え

Appleストアで、単に端末を購入するのであれば、SIMフリー版になります。
SIMに関しては、ご認識の通り、VoLTEに変更が必要です。　
変更にしたときは、手元にSIMが届いてから、mineoマイページで、回線切り替え手続きを行ってください。
端末を変えたことは、連絡の必要はありません。
気をつける点としては、iPhone6のバージョンが12.4以上になっているかどうか確認することでしょうか…

そうなっていれば、環境を移行するのに、クイックスタートの機能だけでほぼ完了できます。

機種変更
https://king.mineo.jp/question-answer/端末／各種設定／操作 スマートフォン/25535
の関連質問ですね。

①はYes、②のSIM再発行もYesですが、SIMと端末が揃ったら回線切替が必要です。この辺は前の質問の回答 No.5を参照してください。
③は強いて言えば、先にSIMが届くと端末が届いて回線切替するまでパケット容量変更などの手続きが出来なくなることですが、まあ困ることはないですね。

1も2もYES!です

3に関してですが、2のsim交換をリアル店舗でやると色々安心かも？
空いてるし、即座に交換可能です。

アップルストアで販売の端末はSIMフリー端末です。
スタッフブログ記事で動作確認しております。
【更新完了】iPhone SE(第２世代)のmineo動作確認（4月24日16:40追記） | スタッフブログ | マイネ王
https://king.mineo.jp/magazines/special/1322

Apple Storeのリアル店舗で、au、ドコモ、ソフトバンク回線とセットで購入した場合は、キャリア契約となりSIMロックがかかるようです。

それ以外の購入はSIMロックがかかっていません。

①アップルストアから購入するiPhoneは全てSimフリーですか？
Appleの実店舗で購入すると、ごくごく稀に最初に挿したキャリアのSIMカードで、ロックがかかった事例がmineoであります。
★simフリーiPhone7のsimロックについて
https://king.mineo.jp/my/8c998b98508c3eab/reports/10380
オンラインで購入された方が良いかと！

下記、既にご存知かとは思いますが...
★機種変更、SIMカード変更された場合は回線切り替えと、プロファイルのダウンロード&インストールが必要です。
https://support.mineo.jp/setup/guide/ios_network.html

★なお、プロファイルのインストールはmineoアプリからでも出来ます。
手順の一部です。　Wi-Fiがなくてもインストール出来ます。
1. mineoアプリを起動する
2. プロファイル設定をタップ　　　　　　*画像①
3. プロファイル設定画面でプランを選択　*画像②
4. [データ通信機能を起動できませんでした]の「OK」をタップ　*画像③
5. [設定]→[プロファイルがダウンロードされました]をタップ　　*画像④
6.以下省略

★データの移行（転送）方法は3通りあります。
①クイックスタート：すでに iOS 12.4以降をインストールしてある iPhoneを使って、iPhoneを自動的に設定します。
https://support.apple.com/ja-jp/HT210216
今使っている iPhone を使って新しい iPhone を設定する場合、両方ともに iOS 12.4 以降が搭載されていれば、クイックスタートで iPhone の移行機能を使えます。
この機能を使えば、ほぼすべてのデータを使用中の iPhone から新しい iPhone に転送できます。

②iCloud：以前のデバイスの iCloud バックアップから、データや購入済みのコンテンツを新しいiPhoneに転送します。

③iTunes：iTunes で作成しておいたバックアップから、データや購入済みのコンテンツを新しいiPhone転送します。

*LINEの引き継ぎは下記を参考に
【最新版】 LINEのアカウントを引き継ぐ方法　機種変更
http://official-blog.line.me/ja/archives/53494977.html