SDカードのデータが増殖

ちなみに、別のSDカードでも同じことが発生しますでしょうか?

解決方法ではありませんがフォルダの作成日時を確認すれば、その日に行われた何かが原因と推測できるのではないかと思いました。
毎日確認するわけにはいかないですが、、。

そのmicroSDカードをスマホから取り出し、パソコンに繋いだカードリーダーやパソコン本体のSDカードスロットで確認してもらえますか？

私の考えでは、同じフォルダ名のものが複数存在することが有り得ないと思うのです。

ですから、スマホとパソコンをケーブルで繋いでみると、そのように同じ名前のフォルダがあるように見えますが、実際は見かけ上なだけで実は名前が違うとかだったりするのではと考えます。

Androidのキャッシュのクリアでもダメですか？

はじめまして、ねこ父さん

お調べしたところ、稀に起こる現象のようです。
（PC接続時にUSBストレージモードでは問題ないかもしれません）

原因：メディアストレージ（システムアプリ）

対策：自己責任でお願いします
①データをバックアップ（最悪、本体初期化に備えてください）
②メディアストレージの初期化（アンドロイドアイコン）
アプリを選択して<データを消去>
③再起動
④標準プレイヤーを起動して曲が表示されていれば成功
※何も表示されない場合は一度USBでPCと接続、任意の1曲をスマフォにコピー、USB接続を解除するとメディアストレージが再構築を行うはずだそうです。
※再構築にはかなり時間がかかるケースもあるそうです。
※この際、強制的にデータ構築を行っているため、何らかの悪影響が出る可能性を理解した上で実施してください。
再構築完了後は、コピーしたデータは削除しても残したままでも構わないそうです。

※下記参考サイトに記載のあるように、場合によっては本体初期化に至ることもありますので、実施の際はご注意願います。

参考URL
http://blog.livedoor.jp/an_square/archives/51815034.html