持ち込み端末保証の修理中の登録変更について

simロック解除をしたau版iphone6sに持ち込み端末保証を掛けてmineoを利用しておりましたが、この度海水に端末を落としてしまい保証サービスを利用し現在修理を行ってもらっているところです。
修理まで3,4週間かかるとのことで、現在別の端末を購入し利用中です。

そこで質問なのですが、修理端末が帰ってくる前に現在利用中の端末を保証端末に変更した場合、何か修理に影響が出たりするのでしょうか？
また切り替えに際し保証期間に空白ができるなど不都合な点があればおしえていただければなと思います。

どうぞよろしくお願いいたします。