夜間フリー時間帯の通信は、マイページトップの『使用量』に加算されますか？

おそらく『ゴースト』と呼ばれる現象で、夜間フリー利用の有無は無関係です。

”先月”にギフトやフリータンクでもらったりおみくじで当たった分などの、グラフで薄い緑色で表示されるパケットを使用しませんでしたか？
前月にギフト等のパケットを使用すると、当月の使用量や繰越容量が前月のギフト等の使用量を加えた数値になって実際の数値と合致しなくなります。
今月1日の全く通信していない状態の時点での使用量の数値がそのズレになります。

マイネオマイページの「使用量」は前月の利用状況次第で不正確なものになる仕様ですので、月末に翌月への繰越容量を確認してそれと当月の基本容量との合計値が残容量と合っている事のみを確認してください。
基本的には残容量で管理して使用量は見ない方が良いです。

また今月はギフトのINが300MBあるようですが、これに手をつけると来月も同じ状態になります。

なお、データ通信量(概算)の表示は前日分までの正確な数値ですので、それに当日分の通信量を足せば正確な今月の使用量になります。

併せて以下のリンクも参照して下さい。
https://support.mineo.jp/setup/guide/traffic.html#traffic02

https://king.mineo.jp/magazines/special/456

http://mineo.jp/pdf/king_mineo_ghost.pdf