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マイそくスーパーライトの事務手数料を無くす方法はありません。

通信が32kbpsでほぼ実用にならないマイそくスーパーライトを使いたい理由は何ですか？かけ放題オプションをつけて通話のみで使うのでしょうか。
この場合、初期費用は3,740円(事務手数料3,300円+SIM発行手数料440円)、毎月利用料は1,460円(基本料金250円+かけ放題料金1,210円)です。通話はオートプレフィックスでVoLTE品質ではありません。
物理SIMからeSIMに変更するなら440円、しかも端末を変更する度に掛かります。
eSIMを選択するならdocomo回線かau回線が選べます。

一方、povoなら初期費用は0円、毎月利用料は1,650円(基本料金0円+かけ放題料金1,650円)です。通話はVoLTE品質です。通信もトッピング無しで128kbpsとある程度は実用になります。
物理SIMからeSIMに変更するのは0円、しかも何回再発行しても0円です。
ただし、au回線しか用意されていません。

お好みの方をお選びください。

残念ながら裏技はなく、事務手数料とSIM発行料が必須です。

マイそくスーパーライト申し込みに関する注意点は添付画像をご覧ください。
引用元: https://king.mineo.jp/staff_blogs/2142

なお、物理SIM→eSIMへの変更には事務手数料は不要ですが、eSIMプロファイル発行料（440円）が必要です。
https://support.mineo.jp/setup/guide/reissue.html

マイそくスーパーライトには、事務手数料を無料にするチートは一切ありません。
事務手数料が無料にできないので、その手数料分がペイできるだけ、長くご利用下さい。

マイそくスーパーライトへのコース変更不可、新規契約かMNP転入時のみ、事務手数料必須、なので悪しからず。

>eSIMに変更した場合の料金
一回あたり¥440、かmineoコイン（→クーポン利用）1枚

250円のマイそくスーパーライトのソフトバンクを
災害時のバックアップ回線にして
docomo、au、楽天が通信障害のときは
有料オプション｢24時間データ使い放題198円｣にするといいかも