AUアップグレードプログラムEX利用中で今後格安にMNPしたい

まず似たような質問結構あるので一度ご確認ください。大体把握できると思います。
https://search.mineo.jp/?category=qa&from=king&query=アップグレードプログラム&site=king

アップグレードプログラムは機種変する時に端末返却すれば残債が免除（"最大"半額）される、というものですよね。
支払回数、端末利用期間、残債免除額等を考慮するとその効果が最大になるのは25ヶ月目となります。
ここでのポイントは機種変しなければいけないということ、つまり新たにauからスマホを購入しなければいけません。
なので選択肢は2つです。

・プログラムを利用せずiPhone XSを使い続ける
48回払いを完済するパターンです。プログラムは利用しないので利用料は返却されます（au契約中なら）。その支払いを続けたまま他社にMNPすることもできます。

・プログラムを利用するパターン
iPhone SEだと64GBで55,270円ですので機種変手数料（auは3000円だったかな）足して6万弱。支払いは一括でも分割でも可ですが、この場合iPhone XSを返却して残債免除です。

簡単に言うと
6万弱払ってiPhone SEを買うか
6万近い残債を払ってiPhone XSを使い続けるか
の二択になります。

どちらがいいかは人それぞれですが、2年使ったiPhone XSと新品のiPhone SEなら中々難しい選択ですね（私ならXSのコンディション次第）。
プログラムを利用してしまえばauの契約を維持する縛りはなくなるので、どこにMNPするかも含めて分けてその後考えればいいとは思いますよ。

＞必要な手続きや費用、最適なタイミングなどあれば教えて頂きたいです。

・25ヶ月目にiPhone SEに機種変更。
機種変で値引きがあるなら理想ですがほぼ定価なので、とりあえず頭金のないところでプログラム利用して機種変しましょう。
更新月中ならプランはそのままでも可。更新月中でないなら新プランに変更しとくと違約金1000円で済みます。

・26ヶ月目にでも他社へMNP
お好きなところへ。

※ちょいちょい誤りあるかもしれませんので、行動前には公式へお問い合わせください。

少なくとも機種変の段階で事務手数料発生します。
門外漢の視点ですけど、2年縛りが終わるタイミングで残債整理の上で格安スマホに乗り換えると余計なお金を払わずに済むと思います。
SIMロック解除をすればご利用中のiPhoneはどこの会社でも使えます。特に故障とか不具合ないのであれば機種変はもったいないなと思いました

参考になれば？

auの解約時期ですが、2年縛りがあると思います2019年10月1日以前の契約の場合、9,500円の解約手数料が発生すると思いますにで2年目以降2ヶ月以内の解約をお勧めします

プランの利用料月390円は、機種変更した場合にWALLET プリペイドカードに返金(チャージ)されます、そして現在使用中の端末の返却が必要ですし端末に不具合がある時は修理代等請求されると思います

①AYYY さんがおっしゃっている方法では、新端末の代金一括支払いが発生します
　そして、縛り終了が９月だと思いますのでそれ以前だと以前の解約手数料が必要

②今の内にプラン解除（今までのプラン利用料は返金無し）して、現在利用中の　
　iPhone XSの残額を支払いして縛り更新月にau解約及びロック解除すると今のま
　まの端末でMNPできます