AUアップグレードプログラムEX利用中で今後格安にMNPしたい

まず似たような質問結構あるので一度ご確認ください。大体把握できると思います。
https://search.mineo.jp/?category=qa&from=king&query=アップグレードプログラム&site=king

アップグレードプログラムは機種変する時に端末返却すれば残債が免除（"最大"半額）される、というものですよね。
支払回数、端末利用期間、残債免除額等を考慮するとその効果が最大になるのは25ヶ月目となります。
ここでのポイントは機種変しなければいけないということ、つまり新たにauからスマホを購入しなければいけません。
なので選択肢は2つです。

・プログラムを利用せずiPhone XSを使い続ける
48回払いを完済するパターンです。プログラムは利用しないので利用料は返却されます（au契約中なら）。その支払いを続けたまま他社にMNPすることもできます。

・プログラムを利用するパターン
iPhone SEだと64GBで55,270円ですので機種変手数料（auは3000円だったかな）足して6万弱。支払いは一括でも分割でも可ですが、この場合iPhone XSを返却して残債免除です。

簡単に言うと
6万弱払ってiPhone SEを買うか
6万近い残債を払ってiPhone XSを使い続けるか
の二択になります。

どちらがいいかは人それぞれですが、2年使ったiPhone XSと新品のiPhone SEなら中々難しい選択ですね（私ならXSのコンディション次第）。
プログラムを利用してしまえばauの契約を維持する縛りはなくなるので、どこにMNPするかも含めて分けてその後考えればいいとは思いますよ。

＞必要な手続きや費用、最適なタイミングなどあれば教えて頂きたいです。

・25ヶ月目にiPhone SEに機種変更。
機種変で値引きがあるなら理想ですがほぼ定価なので、とりあえず頭金のないところでプログラム利用して機種変しましょう。
更新月中ならプランはそのままでも可。更新月中でないなら新プランに変更しとくと違約金1000円で済みます。

・26ヶ月目にでも他社へMNP
お好きなところへ。

※ちょいちょい誤りあるかもしれませんので、行動前には公式へお問い合わせください。