深夜フリーの状態で、今月（６月）のパケットが消費される？

ゴーストもありますが、今月から広告フリーを申し込まれている場合は、現在の表示上の仕様で広告フリー該当パケットが「通常」にも計上されているだけかもしれません。
確認できるのは明日以降になりますが、「データ容量詳細」で「通常」と「広告フリー」のデータ通信量が同量消費されている場合は、実際の消費パケットは「0」になります。
https://king.mineo.jp/question-answer/データ通信／音声通話 データ通信/36448