iPhoneの構成プロファイル（無知な質問です）

「プロファイル」と呼ばれるモノは2種類有ります。
①APN構成プロファイル
→データ通信する時に必要(通話のみの場合は不要)
→メインキャリア(ドコモ本家/au本家/SB本家)とサブキャリア(LINEMO/povo2.0等)は不要
→現在iPhone1台に対し1つまで
②eSIMプロファイル
→複数インストール可能

>プロファイルは2つダウンロード出来ないというのはおぼろげに知っていますが、

①のことであればその認識でOKです。
①と②を混同していたら別物だと認識しましょう。

>物理SiMのpovo2.0と、auのmineoeSiM（プロファイル使用予定）で運用可能なのでしょうか？

以上より
povo2.0→①不要
mineo→①必要
①が合計1つなのでOKです。