スマホ盗難のため緊急停止中ですが...

想像ですが、「盗難されたsimカードが使えないように停止した」のかなと。
つまり、simカードを入れて通話や通信ができないようにしたということかなと。

mineoマイページのログインはsim入ってなくても可能なので使える…と。

とは言ってもスマホごと紛失したんだとしたら、スマホ自体のロックが無かったりするとブラウザによってはeoID・パスワードを記憶してる場合もあり、マイページにログインされてしまう可能性もありますよね。
そういう場合はidかパスワードを変えるしかないかと。