マイナポータブルログインするのに、iPhone Se3 読み取れない

パスコードやTouch IDが設定されていないのであればNFCが起動しません。ひみつ77さんのご指摘のようにこれが原因のように思います。まずは設定してみては。
ただしパスコードは絶対忘れないようにしてください。