連絡先の登録

回答ではありませんが…
私もmineoでんわアプリの連絡先で、一部の人が二重に表示されています。
以前、「連絡先がGoogleと端末本体の両方に登録されている時にそのようになる」という話がありましたが、Googleに登録されている一つの連絡先が二重表示になっているので、これとは原因が違います。確かではありませんが、mineoでんわアプリのバグのように思えます。

私は、mineoでんわアプリの設定で「標準でも使用する」を有効にして、標準の連絡先アプリを使うようにしています。

原因がわかりました。
前の回答で「Googleに登録されている一つの連絡先が二重表示になっているので、これとは原因が違います。」と書きましたが、これと同じ理由でした。

上の画像はHUAWEI端末の標準の連絡先アプリの表示設定画面ですが、Google以外にMessengerにも5件の登録があります。これはGoogleの連絡先た登録されている人の中で、Messengerを使っている人が入っています。標準の連絡先では二重表示はされません。また、この画面で、表示する連絡先を選択できます。

一方、mineoでんわの方は表示する連絡先を選択できないどころか、元々同じ内容の連絡先を別のものとして重複表示します。これは以前から指摘されていますが、未だに直りません。

稗田八宝斎さんも標準の連絡先アプリで、連絡先が複数のアカウントに登録されていないか、確認してみてください。
重複した連絡先が統合されていると削除で全部消えてしまうので、連絡先を分割してから必要のないアカウントにある連絡先を消去すると、mineoでんわの方で表示されなくなります。