eoIDの二段階認証は家族個人ごとに設定可能？

それならパスキーを設定してください。
詳細は以下をご覧ください。
https://eonet.jp/eoid/login-pass-key.html

この方法はお手持ちの個々のスマホの生体認証のみでログインする方法です。設定の際はニ段階認証が必要ですが、それ以降は生体認証のみでログインできます。私もこれを使っています。