eoID１つで2回線目のmineo⇔マイネ王の連携登録

》今後は新規番号を利用し、既存SIMは近々解約しようと思ってますので、深く考えず、連携を既存から新規番号に切り替えてしまうだけで良いのでしょうか？
→はい。簡単に考えてください。
この連携はあくまでもeoIDとマイネ王アカウントの紐付けを行うだけです。そして、その時選択している(eoID内の)1回線に対してmineoアプリでの操作(パケットギフトやチップ等)が反映されるという仕組みです。

》これはマイネ王に属するのでそのまま継続して置いていても消えないと理解して宜しいのでしょうか？
→おっしゃる通りです。
いわゆる無料チップはマイネ王アカウントに紐付いているのでそのままでも大丈夫です。回線を変えたからといって消えるものではありません。

ご質問については概ね対処はされているようですので問題ないと思いますよ。