iPhoneのデータ移行（au→SIMフリー）

これまでiPhone5C（au）を利用していましたが、iPhoneSE（SIMフリー）を購入しmineo（docomo）にMNPする予定です。
データ移行で注意することがあれば教えてください。
iTunesを利用して旧機種をバックアップし、新機種に戻す方法はWebで検索できるのですが、気になっているのは、auのアプリや設定などもそのままコピーされてしまわないかということです。ひとつひとつアプリを入れ直すのが良いのでしょうか？