通話時に端末のマイクを使いたい

ペアリング済みデバイス横のアイコンから「通話」の権限はオンオフできると思いますが、マイクとスピーカーを分けることは難しそうですね。
ご質問のニーズがあるとしても、ケーブルレス、ハンズフリーというbluetoothの利便性から考えて、マイクだけスマホ本体を使う重要性は低いですもんね。