iPhoneSEのストレージがいっぱいでOSをアップデートできません。

パソコンまたはiCloudに写真・音楽ファイル・アプリのデータをバックアップし、最低限の容量を確保してはどうでしょう？
アップデート後の残容量がどうなのかは分かりませんが、iCloudでしたら無料で5GBまで保存出来ますよ。