IPHONE６S（Aプラン)からIPHONE SE ２への機種変更手順について

SE2は、SIM無しでアクティベート、初期設定、データ移行ができますので、SIMを入れるのは最後の最後でいいです。

iPhone6sを最新版までアップデートしておき、WiFiとBluetoothをオンに、その端末の近くでSE2の電源を入れればクイックスタートでデータ移行させることができます。
この際iPhone6sにmineoアプリをインストールしておけば、SE2にも復元されることになります。

データ移行後、SE2でmineoアプリを立ち上げて、プロファイルをインストールします。

ここまでくれば後はSIMを入れるだけです。

6sの方で、回線切り替え手続きを申し込み、6sが使えなくなったら、SE2に新しいSIMを入れてください。

ご質問の内容を拝見しました。
データ移行がSIM開通の前か後かですが、どちらでも問題はありません。

データ移行にそれなりの時間がかかります。
（データ移行する容量に依存しますが、1時間から半日、長いと1日がかり）

先に移行先のiphone SE2代目を入手されるのでしたら、6sからSE2代目へデータ移行してしまった方がSIM到着後にデータ移行するより後が楽です。
（SIMカード到着後SE2代目へ装着して直ぐに使用が可能になります。）

ただし、データ移行してから新しいSIM開通までの間にメールやLINE等の連絡が追加更新されるとその差分が出てしまうのが欠点になります。

WIFI環境をお持ちでしたらあわせてプロファイルもSE2代目へ入れてしまっても問題ないです。

新しいSIMを手にするまで6sを使い続けて、
データ移行を１回で済ませたい&データ移行の時間も取れる場合はSIMカード到着後に
データ移行してSE2代目を開通の流れがきれいです。