2個目のApple IDを持つと不便ですか？

AppleIDを変えると、過去に有料のアプリや音楽を購入していた場合、それを使えなくなります。

そうでない場合は、googleに連携させることで、連絡先などは新端末、新AppleIDでも使うことができるようにすることができます。
googleに連携させておくことで、Android端末でも情報連携できるようになるので、私としてはおすすめです。

自分は既に使ってないメールアドレスのApple IDのまま運用しています
理由はiPhone2台、iPad2台、Mac3台がiCloudにてシームレスに活用出来る為と、購入したアプリケーションを再購入せずに済む為です
もしPEACHさんが以前購入されたアプリケーションやミュージックなどありましたらApple IDを新たに作ってしまうと再度購入しなければなりません
iPhone5からの移行はどうかわかりませんが、今のiPhoneやiPadは旧端末から新端末へのデータ移行が簡単にできます(自分はiPhone7からXR)
特に使っていない(使えない)メールアドレスのApple IDでも何も問題ないので自分はこのままです

長文失礼しました

>>機種変したiPhoneSEに、連絡先データを移行したり、LINEを引き継ぎしたりする面で支障はないでしょうか？

まずは、現iPhoneSE→新iPhoneSEにデータを移行しましょう。
★iPhoneのデータの移行（転送）方法は3通りありますが、クイックスタート方式が簡単に出来るかと。
手順は下記のサイトが参考になるかと
クイックスタートの使い方とデータ移行方法
https://www.teach-me.biz/iphone/quickstart.html
この方法は連絡先データなど、ほぼ全てのデータを引き継ぎできます。
mineoのプロファイルなど一部の再設定は必要です。

*LINEの引き継ぎは下記を参考に
【最新版】 LINEのアカウントを引き継ぐ方法　機種変更
http://official-blog.line.me/ja/archives/53494977.html

>>Apple IDの複数持ちには、大きなデメリットがあるのでしょうか？
Apple ID はApp Store、Apple Music、iCloud、iMessage、FaceTimeと関連しますので、有料アプリなどは再度インストールの際に料金が発生するなど管理が面倒になるかと思います。

Apple IDに使われてないメールアドレスだと、Appleからの重要なメールが届かないので、通知用メールアドレスを登録される事をお勧めします。

Apple IDの変更は機種変更後に検討されては如何でしょうか。
私は複数のApple端末をもっているので、Apple IDの変更に苦労した経験があります。

失礼します
こちらが参考になれば？
https://support.apple.com/ja-jp/HT201771

SIMに関しては、回答No.7
>>7
のとおりですので、本題の
>>Apple IDの複数持ちには、大きなデメリットがあるのでしょうか？
...について、私個人的見解を申し上げます。

大きなデメリットは、既にヨッシーセブン様が触れてはりますが、iPhone 5から使ってきたアプリのアップデートができないことと、LINEのトークが引き継げない（トークはiCloud Driveにバックアップするため）ことですね。

しかしながら、私個人的には そこまで大きなデメリットとは思いません。
ログインIDがメールアドレス（Apple IDと同じメールアドレス）＆パスワードならば、メールアドレスをGmailや新しいApple ID（@icloud.com）に変更するだけです。

一番無難なのは、
①iPhone 5をiTunesで、暗号化してバックアップ（暗号化パスワードは必ずメモ！）
②iPhone 5→iPhoneSE（2020）へiTunesバックアップから復元
③Apple IDを変更するために、下記へアクセス（PCから行くのが無難）
https://appleid.apple.com/#!&page=signin
※２段階認証がiPhoneに来ますので、許可する→６つの数字を入力
④Apple IDのメールアドレスを変更。ついでに、秘密の質問を変えるのもアリ
※変更した内容は、暗号化パスワードと同じメモの下に記入して、カメラで写真を撮ること！
...というステップですね。

どぉ〜しても詰まる場合は、Appleコールセンターに電話して、オペレーターと繋がったら、スピーカーホンにして誘導していただくのが良いです。
Appleコールセンター→0120277535
※繋がったら、１（iPhone）をタップ。IMEI（製造番号）を聞いてきますから、あらかじめ 設定＞一般＞情報 を開けておく
営業時間→9:00〜21:00

大変かと思いますが、ご参考くださいませ。

皆さんご親切に詳しく教えて下さってありがとうございます！

なにぶん、本人が本当にIT関係がダメなもので、iCloudの説明も理解が難しいくらいで…

それで、
「使われていないメールアドレスをApple IDにしたままでも大丈夫」という事でしたら、それが一番本人にとってはやり易いと思うのですが、
「使われていないメールアドレスをApple IDにしたまま」で運用する事にデメリットはありますか？

何度もすみませんm(_ _)m