iphone 6sからse2に機種変更

>>se2を購入して6sに入っているsimをそのまま入れ替えれば使えるのでしょうか？

Dプランであれば、プロファイルをインストールさえすれば、使えるかと思います。

>>また今まで動作確認で不具合があった事はあるのでしょうか？
Dプランで不具合があったとの記憶はありません。

しかしAプランのnanoSIM（非VoLTE）はiOSのアップデートを含め、数々の不具合がありました。

★ 2016/09/15発売のiPhone7では、nanoSIM（非VoLTE）だと音声通話ができない事例もありました、
運営さんからは
『SIMや通信環境ではなく、タイガー2さんのiPhone7そのものが事象の原因であることは確実で、おそらく間違いありません。
原因が見え始め、解決に向けて確実に進んでおりますので、近いうちに何らかのお知らせができればと思います。(できないかも知れません』
とコメントがありましたが、原因については公表されませんでした。
https://king.mineo.jp/magazines/special/430/comments/68502

iPhone SEも同じ事象が発生しました。

AプランのiPhone＋nanoSIMの組み合わせは、iOSのアップデートによってはSMSに不具合が発生したり、iPhone5sではiOS 8以上にアップデートすると文鎮化してしまいました。
文鎮化されたiPhone5sはmineo独自では、解決が困難な状態でライバル会社の情報提供で解決した事があります。