SDスロットの不具合が使用している内にSDカードを認識した理由は

私もみなさんと同じ意見です（回答No.1と2）。優先順位をつけて、対応したほうがいいと思います。

(1)そのデータのバックアップ（すぐに）
(2)SDカードを別なものに変える（それでも同じことが起こるかどうか）
(3)問題の切り落とし

ご質問を読むと、SDカードではなく、端末のほうに問題があるという印象をうけました。でも念のために、SDカードも疑ったほうがいいと思います。現状で、原因がわかっていないためです。(2)(3)で検証して、原因がわかればいいですが、わからない時は、ご自身の判断になってきます。このままわからないままお使いになるか（今は使えてるので）、それとも、この先不安なので、端末も変えるか・・・

データは何よりも大切なので、見えているうちに（今使えていても）、別の媒体へバックアップを取ったほうがいいと思います。何らかの原因があり、不安定な状態にあると思います。端末が壊れかけているか、SDカードに問題があるのだと思いますが、その原因をつきとめておかないと、いつか同じことが起こります。端末も調子のいい時、悪い時、行きつ戻りつしながら、最後は完全に壊れていきます。不調のサインに気づくときもあるし、気づかずに「突然壊れた」という印象で終わってしまうときもあります。

データがそのSDに「入っている」といっても、ペーパーがぎっしりと詰まっているわけではないので、結局は、数字の羅列。その並びが壊れたら、私たちが認識できる文字として見えなくなるし、一瞬でなくなることもあります。

私はUSBメモリースティックで経験があります。毎日不具合なく使っていたものでしたが、ある日、データが見えなくなりました。他のPCで確認してみましたが、結果は同じ。初期化したら、またデータを保存できるようになりましたが、データは失いました。その時、ショックでした。泣きましたｗ。また同じことが起こったら耐えられないので、スティックを買いなおしました。私の場合は、PCが問題ではなかったようです。