SH-01L

まず質問への直接的な回答ですが、バックアップアプリを入れたからといって、本体に最初から入っていたアプリが消えることはないのが原則となります。

ところで、ドコモの機種に入っているアプリには、本体プリインストールで停止はできるがそもそも消去できないものと、購入時に入ってはいるがダウンロードプリインストールで、消去可能なものとがあります。

SH-01Lの場合は、以下のとおりです。
ドコモあんしんスキャン （ダウンローダプリイン）
dメニュー （本体プリイン）
dマーケット （本体プリイン）
dポイントクラブ （本体プリイン）
My docomo （ダウンローダプリイン）
マネレコ （ダウンローダプリイン）
my daiz （本体プリイン）
dフォト （ダウンローダプリイン）
はなして翻訳 （ダウンローダプリイン）
iDアプリ （本体プリイン）
データ保管BOX （ダウンローダプリイン）
マイマガジン （本体プリイン）
おすすめアプリ （本体プリイン）
LAWSON （ダウンローダプリイン）
McDonald's 対応（ダウンローダプリイン）
Facebook （ダウンローダプリイン）
Facebook Messenger （ダウンローダプリイン）
Instagram （ダウンローダプリイン）
Twitter （ダウンローダプリイン）
AMAZONショッピング （ダウンローダプリイン）
Amazon Kindle （ダウンローダプリイン）
dヘルスケア （ダウンローダプリイン）
d払い （ダウンローダプリイン）
+メッセージ （本体プリイン）

ダウンローダプリインの場合には、消去してしまったとしても再度ダウンロードできるURLがきちんと明示されています。
プリインストールアプリ再ダウンロード
AQUOS sense2 SH-01Lにプリインストールされているアプリ・ウィジェットをダウンロード出来ます。
http://k-tai.sharp.co.jp/support/d/sh01l/prein/index.html

標準アプリは消えません。
どうしても消したいなら
一寸マニアックになりますが目障りで無駄領域を使って嫌ならば
PCをお持ちなら　無効化も削除出来ないアプリは andorid-SDKをインストールして　PATHを通して　サクッと　adb　commandでスッキリ消し去ることも出来ます

説明ページ
https://yakudachi.org/ktai-4/

具体的に消したいアプリ、消えて欲しくないアプリを、教えていただけますか？

お陰さまで復元できました。

ありがとうございました。