機種変更したいのですが、わからない事が多いので教えてください

ご質問に対する回答は、他の方からのコメントがありますので、少し異なるコメントを書き込ませていただきます。

電話番号やメールアドレスは、契約しているSIMに対して付与されているものですので、同じSIMを使い続ける場合は、どのように端末を交換しても変わりません。

端末によっては、aプランしか対応していないものもありますし、dプランにしか対応していないものもあります。
ご相談のdocomoで購入したiPhone6の場合は、dプランでしか使えないので、現在のご契約はdプランのはずです。
これについては、mineoマイページでご確認ください。スクリーンショットをご参考にしてください。

先程も記載したように、同じSIMが使える端末間の機種変更は、mineoには連絡する必要がなく、自由にユーザーが行えます。

同じSIMが使えない端末への機種変更を行う場合にあるmineoのサービスが、
プラン変更　→　現在のプラン（今はdプランですね）から、他のプランに変更します。

SIMカード変更、再発行　→　SIMの大きさを変えたい場合等
です。

このサービスを使うことで、SIMカードを変更しても、同じ電話番号、メールアドレスを継続使用できます。
このサービスは有料ですし、新しいSIMを使い始めたあとは、古い方のSIMは使えなくなります。

今回の機種変更の場合は、同じSIMが使えるので、特にSIM変更の手続きは必要ありません。