ホーム画面の周りが暗い

壁紙を変えても変わらず、アプリは普通の明るさで表示されるとの事でしたら、まずはAtomランチャーを変えられてはどうですかね？
それでとりあえずホームアプリが原因かの切り分けはできるかと思いますが？
それで解決するのでしたら、とりあえずAtomランチャーの設定を見てみて考えられてはどうですかね？

とりあえず検証してみて下さい。