自己解決済み
iPhoneの引継ぎ
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iPhone5s（mineo-a）ユーザーです。iPhoneSEをこの度購入しました。ただし、mnpは使っておらず、どちらのiPhoneも通話ができるプランです。
iPhone5sの使用をやめて、iPhoneSEにデータ移行したいと考えています。ただし、iPhone5s（mineo-a）の契約は継続します。（その後、別のスマホで使うので、sim種別交換予定）
おおざっぱに、iTunesでiPhone5sのデータをバックアップしてから、iPhoneSEを設定しつつ、データリストアすればいいという青写真で考えていますが、何かその青写真以外に、これはハマるので注意せよという経験談があれば、教えて頂ければ幸いです。
怪しそうなアプリとしては、以下が該当すると思っています。
電話番号の解除登録が必要になったり、機種変コードが必要だったりする可能性は疑っています。
Line（特にLine Payが端末が変わると云々とか）
パズドラ
Google Duo（とGoogle Allo）
iMessageとFacetime
これらを含めて、他のアプリ等も経験談を募集しています。
eq.18さんeq.18さんのコメント
さて、落ち着いたので、実際の状況で答え合わせをします。
条件
PCがある。iTunes最新版導入済み。
ある程度の高速回線が利用できる。
(1)連絡先について
PCでiCloudのWebサイト（https://www.icloud.com）にログインして、vcf形式でバックアップが取れます。事前にバックアップをとりましょう。バックアップを取る際に、iCloudのWebサイトの認証作業にAppleIDが必要です。二段階認証も含めて、この場で一旦、絶対に必要なIDを確認する段取りも兼ねています。
(2)認証用情報について
良いタイミングなので、使用中のアプリについて、IDとパスワードを調査しておきましょう。また、個々のアプリ内でバックアップ機能があれば、これを利用して、情報を保存しておきましょう。
Lineだけ要注意で、LineのIDとパスワードを確認（なければ必ず作って!)だけでなく、LinePayのパスワード設定を別途おこなっておきましょう（無意識のうちに、使っている扱いとされているケースがあります）。LinePayのパスワードは、数字形式ですので、さほど難しいものではありません。
なお、PC版iTunesで移行する場合、実際には殆どの情報は使う必要なく、移行できます。手順を省略するなら、例外のもののみ、調査する手もあります。（後述）
(3)移行元iPhoneの事前準備について
プロファイルの移行については、事前に何もしなくても問題はありませんでした。ただし、それはmineo→uqモバイルへの移行だったからであり、逆の場合は先にmineoスイッチアプリを導入しておき、イザという時の備えにしましょう（この場合は、何処かのタイミングでプロファイル設定が必要です）。
移行元と移行先のiOSのバージョンは、両方共最新である必要があります。移行先のiOSのアップデートは、PCのiTunes経由で復元を行うのであれば、強制的にアップデートさせられてしまいます。移行元については、先にバージョンを上げておきましょう。
(4)バックアップの作成
一通り準備が終わりましたら、ここから移行作業本番です。まとまった時間を用意してください。移行作業中は、二段階認証は解除された方が気が楽です。あと、iPhoneを探すは解除しておきましょう。
また、iMessageとFacetimeも利用を一旦外してください。
Google DuoとGoogle Alloについては、後回しでも間に合いますが、これも電話番号との連携解除をされる方がいいです。
その上で、まず、移行元のバックアップをiTunesで作成します。バックアップは、必ず、「iPhoneのバックアップを暗号化」を選択します。簡単なパスワードを必ずつけてください。ない場合は、この作業だけに使いますので、必ずメモをしたうえでパスワードを入力してください。
(5)復元先の運転開始
とりあえず、開封してiPhoneを使用してください。私は丁寧に、AppleIDを入力して、認証を先にしました。（無駄かもしれません）
なお、iOSの更新はおこなっても構いませんが、それ以外は無駄なのでやらなくて良いです。
(6)復元先に復元をおこなう
移行先iPhoneをPCに接続してから、PC版iTunesを使って復元をおこなってください。復元は「新しいiPhoneに復元」を選んでください。（「バックアップを復元」ではないです）
以前の iOS デバイスから新しい iPhone、iPad、iPod touch にコンテンツを転送する
https://support.apple.com/ja-jp/HT201269
(7)アプリ移行確認について
本来は、個々のアプリの指定方法を確認したうえで、移行する必要があります。が、iTunes経由だと、ほとんどのアプリで認証情報ごと、移行してしまいます。再度認証情報の入力が必要だったのは以下のアプリでした。（これ以外のものもあると思いますが、使っていませんのでわかりません）
●mineoスイッチ
●楽天関係のアプリ全般
●Line
また、iMessageとFacetime、iPhoneを探すの利用スイッチを入れてください。Google DuoとGoogle Alloについては、改めて新しいiPhoneで登録します。（解除忘れの場合は、ここで解除しておきましょう）
最後に、解除していなら、二段階認証を戻しておきましょう。
条件
PCがある。iTunes最新版導入済み。
ある程度の高速回線が利用できる。
(1)連絡先について
PCでiCloudのWebサイト（https://www.icloud.com）にログインして、vcf形式でバックアップが取れます。事前にバックアップをとりましょう。バックアップを取る際に、iCloudのWebサイトの認証作業にAppleIDが必要です。二段階認証も含めて、この場で一旦、絶対に必要なIDを確認する段取りも兼ねています。
(2)認証用情報について
良いタイミングなので、使用中のアプリについて、IDとパスワードを調査しておきましょう。また、個々のアプリ内でバックアップ機能があれば、これを利用して、情報を保存しておきましょう。
Lineだけ要注意で、LineのIDとパスワードを確認（なければ必ず作って!)だけでなく、LinePayのパスワード設定を別途おこなっておきましょう（無意識のうちに、使っている扱いとされているケースがあります）。LinePayのパスワードは、数字形式ですので、さほど難しいものではありません。
なお、PC版iTunesで移行する場合、実際には殆どの情報は使う必要なく、移行できます。手順を省略するなら、例外のもののみ、調査する手もあります。（後述）
(3)移行元iPhoneの事前準備について
プロファイルの移行については、事前に何もしなくても問題はありませんでした。ただし、それはmineo→uqモバイルへの移行だったからであり、逆の場合は先にmineoスイッチアプリを導入しておき、イザという時の備えにしましょう（この場合は、何処かのタイミングでプロファイル設定が必要です）。
移行元と移行先のiOSのバージョンは、両方共最新である必要があります。移行先のiOSのアップデートは、PCのiTunes経由で復元を行うのであれば、強制的にアップデートさせられてしまいます。移行元については、先にバージョンを上げておきましょう。
(4)バックアップの作成
一通り準備が終わりましたら、ここから移行作業本番です。まとまった時間を用意してください。移行作業中は、二段階認証は解除された方が気が楽です。あと、iPhoneを探すは解除しておきましょう。
また、iMessageとFacetimeも利用を一旦外してください。
Google DuoとGoogle Alloについては、後回しでも間に合いますが、これも電話番号との連携解除をされる方がいいです。
その上で、まず、移行元のバックアップをiTunesで作成します。バックアップは、必ず、「iPhoneのバックアップを暗号化」を選択します。簡単なパスワードを必ずつけてください。ない場合は、この作業だけに使いますので、必ずメモをしたうえでパスワードを入力してください。
(5)復元先の運転開始
とりあえず、開封してiPhoneを使用してください。私は丁寧に、AppleIDを入力して、認証を先にしました。（無駄かもしれません）
なお、iOSの更新はおこなっても構いませんが、それ以外は無駄なのでやらなくて良いです。
(6)復元先に復元をおこなう
移行先iPhoneをPCに接続してから、PC版iTunesを使って復元をおこなってください。復元は「新しいiPhoneに復元」を選んでください。（「バックアップを復元」ではないです）
以前の iOS デバイスから新しい iPhone、iPad、iPod touch にコンテンツを転送する
https://support.apple.com/ja-jp/HT201269
(7)アプリ移行確認について
本来は、個々のアプリの指定方法を確認したうえで、移行する必要があります。が、iTunes経由だと、ほとんどのアプリで認証情報ごと、移行してしまいます。再度認証情報の入力が必要だったのは以下のアプリでした。（これ以外のものもあると思いますが、使っていませんのでわかりません）
●mineoスイッチ
●楽天関係のアプリ全般
●Line
また、iMessageとFacetime、iPhoneを探すの利用スイッチを入れてください。Google DuoとGoogle Alloについては、改めて新しいiPhoneで登録します。（解除忘れの場合は、ここで解除しておきましょう）
最後に、解除していなら、二段階認証を戻しておきましょう。
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