電話受信について

前半の方はほぼ答が出ているので、
> マイネオ電話アプリを使用しての電話とこのアプリを使用しない場合のコールは、どのように違いが発生し、どのような回線にての繋がりとなるのでしょうか。
の方だけ回答します。

mineoでんわアプリを使うと、原則としてプレフィックス0063が付加され、ソフトバンクが提供する国際電話回線を経由した回線接続が行われます。そのため、ほぼ気にならない程度の遅延や音質低下が起こり得ます。
料金は10分かけ放題を契約していない場合、10円/30秒(免税)となります。10分かけ放題を契約している場合は、5分超過分について前記の料金になります。
mineoでんわを経由しない場合は、通常のdocomo回線のみで接続され、docomoで契約している場合と同じ品質の通話ができますが、料金は10円/30秒(税別)となります。