iPhone6sで設定画面の一番下に表示されるサードパーティアプリの設定メニューが出てこない

「強制再起動」してみて下さい。
復活すると思います。

http://iphone-howto.jp/sita-menu-denai-3018

ここ参考にならないでしょうか

>設定画面の一番下に表示されるサードパーティのアプリ設定画面
http://blog.wanichan.net/entry/2017/02/26/011902
これのことでしょうか？
「設定に一部のアプリしか表示されない」

この方は、"何か"アプリを再インストールしたら直ったようです。
最近いれたアプリなど入れなおしてみてはいかがでしょうか？

この度はよろしくお願いします。
iOS の 設定 にて、付属でないAppが 設定 ラベルにて表示されないのですね。

私も体験するため概ね iOS 10 の不具合と見受けられます。このような iOS の問題に対する解決は、iOS のメジャーアップデートに期待されます。

基本的には 設定 Appの終了による再起動や、iOS 標準の電源オフによる再起動によって一時的に解決します。
解決されなかったという事象は、再起動直後のデータ処理を終えていない高負荷な状況で 設定 を開いた場合や、強制再起動による処理情報の欠落などが考えられます。
余裕をもってお試しいただいたにも関わらず問題が解説されない場合には、導入したAppに問題が起きているという可能性が見込まれます。それ以外に影響する原因が予想できません。

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