auからmineoに乗り換えです。LISMOなどのauアプリは削除できないのでしょうか？

かねやんさんのおっしゃるとおり、削除できないものは無効にしておけば、アイコンが消えて、データ領域も解放され、通信もしなくなるので、削除したのとほぼ同じことになります。
また使いたくなったら、設定＞アプリから有効にすれば元に戻ります。ただし、データは消えて、プリインストール時のバージョンに戻ります。