非接触充電器が熱くなる。スマホに悪い？

使い方が間違ってると思いますよ。
Qiはぽんと置いて気軽に置いて充電出来ますが、効率は余り宜しくありません。ほんのりと熱くもなります
寝る前にぽんと置いて朝には充電が終わって、使い始めるのには良いでしょうが、使いながら使うのはバッテリーにストレスになるし
効率が余り宜しくないので、充電より消費が勝るような状態で熱を非常に発する事になります。
これはワイヤードでも同じく　充電をしながら重い作業(ゲームなど）すれば、当然バッテリーには過重な負荷が発生して熱を持ちます。下手をすれば発火の要因にもなりえますので、そのような使い方はおやめになったほうが良いでしょう。

私はNexus７（２０１３）よりQi充電をしていますが、使い方は
あくまで、寝る前に置いて、朝使い出すで　トラブルは一度もありませんし、特にバッテリーに問題を生じたことはありません。