充電時の画面の点滅について

その状態は正常ではありませんね。純正充電器を使っているので尚更です。
価格.comのクチコミに同じような質問がありました。

■充電中に画面の片側がフラッシュする症状
https://s.kakaku.com/bbs/J0000039698/SortID=25272481/

メーカー修理に出されるの良いと思いますが、その際には初期化が必要になります。端末がキャリア販売のものであれば、症状が出ているときに別の端末で動画を撮っておいて店舗スタッフにも見てもらってください。
修理に出す前に、初期化後にも同じ状態が起きるか確認してみてください。案外それで症状が出なくなるかもしれません。