mineoでんわアプリから発信できなくなりました。

ひとつひとつ整理します。けんポンさんがご自身の契約情報スクリーンショットを貼ってくれたおかげで状況が理解出来ました。
まずそのポップアップとはこういう感じのものでしたよね？

これは、端末に入っている電話アプリが複数ある状況で発生します。今だと、端末に最初から入っている電話アプリ(モトローラだと2つあるかも)、そしてもう一つはmineoでんわアプリですね。

①どの電話アプリを使いますか？
と問われているわけです。

また、

②このアプリを使うのは今回限りですか？それとも、常にこのアプリを使って発信しますか？
とも尋ねられている状況です。

つまり、例えばmineoでんわアプリを一回押した後「常時」を押せば、最初に押した電話番号がmineoでんわアプリですぐ発信出来る状態になり、今後も電話はmineoでんわアプリで発信されるようになります。