マイネオ電話が繋がらない場合があります（デュアルSIM環境）

デュアルSIMは無関係でしょう。
以前のプレフィックス番号で、かけられない電話がありました。
はっきり覚えていませんが、会社の電話番号にかけて、そこから内線に再接続？するような仕組みの会社にかけられない事例があったと思います。

iPhone6sでかけられたと言うのは、今と同じプレフィックス番号の時でしょうか？

プレフィックス番号が変わったことによってかけられなくなっているということは考えられませんか？