mineo電話の通話時間表示の不具合？

あくまでも一般論ですが、アプリに表示される通話時間や料金は目安です。

アプリが"認識できた"通話時間と、その時間から算出される料金を表示してますが、スマホのOSの権限などによって正確な通話時間が取得できないようです。
※この手の通話アプリの多くは［通話時間、料金は目安です］と記載されてます。

なお電話料金はアプリではなく電話会社が保有する通話記録から算出しますが、アプリはその通話記録を表示するものではありません。（そんなことはできないので）

ただ数分も誤差があるとあるのはアプリのバグかもしれないので、mineoに報告したほうが良いかと思います。