契約の通信容量より少ない反映なのは何故ですか

mineoマイページの円グラフの右上にある明細を押して出てくる数字が正確なので、10月に入ったら一度確かめてみて下さい。
500MBプランの場合は実際には0.5GB=512MBなので、基本データ容量としては512MB付与されているはずです。

あとはよく聞くゴーストの話かもしれないので、その辺は他の方の回答をお待ちください。