ご利用番号が2回線あっても、片方の容量しか使えない。

通信して消費される容量は、通信した回線（＝通信した端末にささっているSIMカードの電話番号）の容量です。

mineoマイページの「ご利用番号選択」は、「マイページでどちらの回線の情報を見たり、設定したりするのか？」を選択する事です。
ここで選んだ方の回線で通信する、という意味ではありませんので、ご注意下さい。

当面の対応としては、他の皆さんが回答されている通り、残りが多い方の回線から少ない方の回線へパケットギフトで容量を移されるのが良いと思います。
前月繰越容量を複数回線で共有する「パケットシェア」を組まれるのも、今後の策としてはアリかも知れませんね。