ご利用番号が2回線あっても、片方の容量しか使えない。

使っているスマホ（端末）に、その回線のSIMが入っていて、それを使っているからです。
もう一つの回線は他の端末に入っているでしょうから、そっちの端末を使えばそっちが減ります。

容量がある方の回線からパケットギフトで、その少ない方の回線へ贈ればもんだいは解決しますよ。