デュアルSIMの主&副回線は同じでも良いのでしょうか

デュアル運用の目的次第で、どちらの考え方も取れると思います。番号を使い分ける、というのであれば、同一キャリア。通信環境が悪い時のリスク分散や通信会社トラブル対応を想定すれば、異種の組み合わせ。
なお、自分は楽天とmineoの2枚挿しですが、楽天の方をpovoに変えることを検討中です。