povo2の回線の使用状況はワイモバイル側でわかるのですか？

あくまでも可能性ですが、、本質問に関連しそうな事項を箇条書きで記載します。ご参考に。

・店員にはバレない: ワイモバイル側がpovoのトッピング履歴や通信量を確認する手段はありません。
・質問の意図: 「特典目的の即解約（弾作り）」を警戒しているか、キャンペーンの適用条件（利用実態の有無）を確認するためです。
・手続き上の影響: 「使っている」と答えれば手続きは進みます。MNP予約番号さえ有効なら契約自体は可能です。
・注意点: 万が一、キャンペーン条件に「〇ヶ月以上の利用履歴」等の証明（マイページ提示など）が必要な場合は、その場で困る可能性があります。
・リスク: 利用実態が極端に少ない回線のMNPを繰り返すと、将来的にソフトバンク系列の契約がしにくくなる（ブラックリスト入り）恐れはあります。

回線所有者を介さずワイモバイル側からpovoの利用状況が分かったらマズいでしょう。

》mnp元のpovo2は使ってましたかと聞かれたのですか。
→ホッピング抑止目的の問いかけでは。

>>使ってましたかと聞かれた

仮に一度もトッピングしたことがなくても、「通信障害が起きたときに備えての予備回線として持っていた」というだけでも立派な用途なのだから、正々堂々と「使ってました」と言えばいいだけだと思いますが。