主回線が使えなくなりました

確認させてください。
>今、主回線を楽天モバイルにして副回線として日本通信SIMを入れて、プロファイルをインストールしたところ、
→楽天モバイルは物理SIMで、日本通信SIMのeSIMのプロファイルを追加したとのことですか？また、モバイルデータ通信ができる様にAPN構成プロファイルまで設定したとのことですか？
> 日本通信SIMは使えるのですが、楽天モバイルが繋がらなくなりました。
→日本通信での通話、SMSができるとの意味ですか。モバイルデータ通信も出来ますか?
楽天モバイルは通話、SMS、モバイルデータ通信の全てができないのですか？
であれば、楽天モバイルのSIMを無効化したままではないですか？ご確認ください。