主回線が使えなくなりました

楽天モバイルに
日本通信SIMのAPN構成プロファイルが当たってしまった可能性が高いです。
●楽天モバイルが物理SIMの場合は
一旦楽天モバイルSIMを抜いて
日本通信SIMのAPN構成プロファイル削除→ダウンロード→インストール
●楽天モバイルがeSIMの場合は
楽天モバイルeSIMをオフにして
日本通信SIMのAPN構成プロファイル削除→ダウンロード→インストール
●eSIMのプロファイルは絶対に削除しない様に気を付けましょう。
・楽天モバイルのeSIM再発行手数料は無料ですが、
・日本通信SIMのeSIM再発行手数料は1,100円です。

blue777さんのご指摘どおり、APN構成プロファイルのインストールでミスがありました。下記の手順でリカバリーしてください。
①日本通信のAPN構成プロファイルを削除
②モバイルデータ通信用のSIMを日本通信に切り替え
③日本通信のAPN構成プロファイルをダウンロード＆インストール
④機内モードオンオフまたは再起動

これでモバイルデータ通信用にどちらのSIMを選択してもモバイルデータ通信ができます。

参考までに、Rakuten Linkは日本通信でモバイルデータ通信を行っても使えますが、非通知発信になります。Rakuten Linkで電話番号を通知するには、通信・通話とも楽天モバイルのSIMを選択しておく必要があります。
ちょっと使いにくいですね。

※既に回答されている内容と重複しますが。
MVNO（格安SIM）では、iPhoneのモバイルデータ通信のネットワーク設定としてAPN構成プロファイルのインストールが必要です（通常大手キャリアでは不要）。そして、iPhoneではこのAPN構成プロファイルは仕様として1回線分しかインストールできません。今回、日本通信はAPN構成プロファイルが必要ですが、楽天モバイルは不要のため問題ありません。

本題ですが、今回の現象の原因は日本通信のAPN構成プロファイルが楽天モバイルに適用されてしまった可能性があります。［モバイルデータ通信］で楽天モバイルが選択されているときにAPN構成プロファイルをインストールするとこの様になります。

回避方法は以下の通りです。
①一度APN構成プロファイルを削除
　設定→一般→VPNとデバイス管理下にある日本通信の構成プロファイルをタップして、［プロファイルを削除］します。
②日本通信を選択
　設定→モバイル通信→モバイルデータ通信で日本通信を選択（タップ）
③APN構成プロファイルをインストール
　前回行ったとおり日本通信のAPN構成プロファイルをインストール。
④iPhoneを再起動

以上で設定は終了です。
この後はモバイルデータ通信で楽天モバイルに変更しても結構です。

余談）
iPhoneの主なプロファイルは以下の2つです。
混乱しやすいのでご注意ください。
・eSIMプロファイル: eSIM回線設定
・APN構成プロファイル: ネットワーク設定用
もし、日本通信がeSIMの場合なら両方の設定が必要になります。

確認させてください。
>今、主回線を楽天モバイルにして副回線として日本通信SIMを入れて、プロファイルをインストールしたところ、
→楽天モバイルは物理SIMで、日本通信SIMのeSIMのプロファイルを追加したとのことですか？また、モバイルデータ通信ができる様にAPN構成プロファイルまで設定したとのことですか？
> 日本通信SIMは使えるのですが、楽天モバイルが繋がらなくなりました。
→日本通信での通話、SMSができるとの意味ですか。モバイルデータ通信も出来ますか?
楽天モバイルは通話、SMS、モバイルデータ通信の全てができないのですか？
であれば、楽天モバイルのSIMを無効化したままではないですか？ご確認ください。

みなさま、ご回答ありがとうございます。
一旦、日本通信SIMのプロファイルを削除して、その後に楽天モバイルの通信をOFFにした状態でWi-Fiで再度、日本通信のプロファイルをインストールしたら、使えるようになりました。
御心配かけましたm(_ _)m
ありがとうございます！