iPhone の IMEI に関する疑問です

返答が付かないようなので、コメントさせて頂きます。
本体と箱の紐付けが取れれば生産行程&商品管理の観点で支障ないものとの判断で、(IMEIの記載あれば十分で)IMEI2は箱への記載が省略されたものと推察いたします。
要は、効率化されたとのことですね。